Свое название этот поселок получил от одноименного с ним плеса на реке Верхняя Терсь. В более ранние времена тут были стоянки кочевых племен, о чем свидетельствуют множественные археологические находки найденные экспедицией КГПИ в 1971 году. Как заимка поселок возник в конце 19 века. С ростом промышленности  в строящемся Кузнецке, город стал нуждаться в строевой древесине и создаваемые повсеместно артели лесорубов подстегнули развитие поселка. Рос он в основном за счет спецпоселенцев системы Сиблага,  которых в 1938 году насчитывалось около полутора тысяч человек.

Село Варюхино на реке Томь знаменито рыбалкой и тем, что сто лет назад, великий Антон Павлович Чехов по дороге на Сахалин, чуть не утонул в хрупкой лодке по весеннему половодью. И в память об этом курьезном для него происшествии, подарил хозяину дома, где останавливался, серебряные часы. Память об этом событии варюхинцы берегут и по сей день. Рыбы, по словам местных жителей, в «Варюхинской курье» всегда было много...